A escola foi criada em 1985 com a designação de Escola Secundária Dr. José de Jesus Neves Júnior. Apesar disso, nunca funcionou como escola secundária, recebendo apenas turmas do 7º, 8º e 9º anos. Em 1995/1996 foi transformada em Escola Básica com 2.º e 3.º ciclos passando a designar-se EB 2,3 Dr. José de Jesus Neves Júnior. 

É constituída por 7 blocos independentes (polivalente, administrativo, 3 blocos com salas de aula, pavilhão gimnodesportivo e sala de desporto e condição física), espaços exteriores com áreas ajardinadas, zonas cobertas e campos de jogos.

Dispõe de 17 salas de aula, laboratórios de ciências e de física e química, salas de educação tecnológica e de educação visual, salas TIC, sala de música, auditório e biblioteca. Existem também diversos espaços para funções de apoio, espaços destinados aos serviços, gestão e administração escolar, espaços para professores, espaços de convívio para alunos e um refeitório. A escola acolhe ainda o centro de recursos TIC para a educação especial e um Centro de Apoio à Aprendizagem (CAA). Para a prática desportiva no exterior, há um campo de relvado sintético, campos de jogos e um percurso pedestre/corta-mato.

Todas as salas de aula e espaços de trabalho estão dotados de recursos informáticos e acesso à internet. Atualmente, a escola dispõe de 105 computadores, 26 videoprojectores, 7 quadros interativos, 15 tabletes e 7 portáteis.